Villanueva del Pardillo fue en tiempos aldea de Galapagar, dentro de los territorios del Condado del Real del Manzanares del Ducado del Infantado. Formaba parte de un señorío y eclesiásticamente fue localidad perteneciente al arciprestazgo de Canales, del arzobispado de Toledo. Su fundación es anterior a la Peste Negra de mediados del siglo XIV porque es citado en el Libro de la Montería de Alfonso XI.
El Pardillo era un lugar cercano a Galapagar, villa de la que dependía en lo administrativo y en lo fiscal. En 1.702 alcanza el rango de Villa, comprándoselo al rey. A partir de la división en partidos judiciales en el siglo XIX, se integrará en el de Colmenar Viejo.
La historia de la localidad es un misterio en el lapso de tiempo que va desde finales del siglo XVIII hasta 1.939, porque en la Guerra Civil Española se destruyeron iglesia y ayuntamiento y, con ellos, los archivos correspondientes. Villanueva del Pardillo fue parte del frente de la Batalla de Brunete, quedando una sola casa en pie, conocida en el pueblo como “La Casona” (utilizada a día de hoy como centro cultural y biblioteca municipal).
Los planes de rehabilitación posteriores y el crecimiento inmobiliario en Madrid y sus alrededores han llevado al municipio a un importante crecimiento que se ha incrementado sobre todo en el siglo XXI.
